داستان فیلم لوگان 2017، در آینده ای نزدیک و در سال 2029 به وقوع می پیوندد؛ حال چندین سال از اتفاقات فیلم «مردان ایکس: آخرالزمان 2016» گذشته و لوگان (هیو جکمن) دیگر همانند گذشته قدرت و توانایی های دوران جوانی اش را ندارد. سن و سال او بشدت افزایش یافته و پیری دیگر توان و رمقی برایش باقی نگذاشته است. وی که در نزدیکی مرز مکزیک زندگی میکند، از استاد ایکس که مریض شده،نگهداری میکند ولی هنگامی که مسئولیت سرپرستی از یک دختر به نام لورا به وی سپرده میشود، متوجه میشود که باید از وی محافظت کند ولی …